Cette église a été construite peu après la création de la paroisse de S. Simão do Nesperal ( XVIème siècle) par ses habitants.
L’église possédait quatre autels, où étaient vénérées les images de S. Simão, de Notre-Dame de la Soledade, de S. Brás, de S. António, du Saint-Esprit, de Notre-Dame de la Miséricorde, de Notre-Dame du Rosaire et de S. Miguel.
En 1787, des travaux ont été effectués sur la toiture et sur la tour de l’horloge. Mais en 1824, les habitants de Nesperal demandent au Grand Prieuré de Crato de « réparer et reconstruire » leur église paroissiale, « qui est dans l’état de ruine le plus déplorable, et la plus prochaine à être démolie tout à fait, à cause du manque de menuiseries et de réparations dont elle a grand besoin ». Les travaux ont lieu l’année suivante.
L’église possède une collection admirable, dont trois panneaux du peintre Gonçalo Prego, avec des moulures épimaneiristes sculptées et dorées représentant respectivement Saint Jean Baptiste, l’Agnus Dei et D. João Álvares Pereira, datant du XVIIème siècle. Selon les auteurs Vítor Serrão et Ana Maria Farinha, l’image du roi Nuno Álvares Pereira suit le style du portrait aristocratique. Des retables baroques de style national ponctuent l’autel principal, où l’on trouve également une image du Christ en croix et des sculptures de saint Michel, de la Sainte Trinité (en pierre calcaire et datant du XVème siècle), de Notre-Dame de la Miséricorde et de saint Brás (une pièce du gothique tardif). Il convient également de mentionner l’existence de fonts baptismaux en pierre granitique avec la croix de l’Ordre du Christ gravée sur sa face (peut-être du XIVème siècle), ainsi que divers objets de joaillerie et d’ivoire.
Elle a été rénovée ces dernières années.
En 1700, Grão Prior do Crato finance la reconstruction de la chapelle principale (déjà réaménagée en 1630) et de la sacristie. Cette même année, les confréries « firent faire les moulures et les panneaux du plafond du chœur et des deux autels latéraux, pour lesquels elles dépensèrent 110 000 réis ».