Se piensa que la Igreja da Misericórdia fue construida a finales del siglo XV o a mediados de principios del XVI (cuando se instauró el estilo manuelino).

Está catalogado como Monumento de Interés Público desde 2013.

La Iglesia pasó por su primera reconstrucción en 1678, seguida de otra después del terremoto de 1755, de la mano del proveedor Miguel Inácio Falcão Beja, que invirtió su orientación. En 1895 fue incendiado, pero este hecho no trajo cambios importantes al templo.

En el conjunto de su fachada, donde antiguamente se ubicaba el presbiterio manuelino, destacan la portada alta y la ventana barroca -donde se colocó una cruz de trébol y un medallón en forma de corazón con las cinco llagas de Cristo-, junto con el elaborado y amplia escalera de acceso, pavimentada con varios fragmentos de lápidas sepulcrales.

En el alzado lateral izquierdo se construyeron tres interesantes arbotantes, dos de los cuales servían de marco a una ornamentada portada manuelina, donde destaca la presencia de motivos vegetales, en concreto alcachofas, que representan la resurrección de Cristo. Según algunos historiadores, esta era la puerta principal del templo.

El alzado posterior que da a la Praça Conde do Bracial, incluía el presbiterio del siglo XVIII, que sobresale del cuerpo de la iglesia y está cubierto por un techo a dos aguas, la sacristía, con acceso al presbiterio y la capilla del Senhor dos Passos.

En el interior encontramos el retablo del presbiterio, el altar y el dobby con las imágenes de Nossa Senhora das Dores y Senhor dos Passos, la cómoda de la sacristía y el baptisterio que tiene una hornacina con la imagen de São João Baptista.