L’église de la Misericórdia aurait été construite à la fin du 15ème siècle ou au milieu du 16ème siècle (époque où le style manuélin s’affirmait).

Elle est classée Monument d’intérêt public depuis 2013.

L’église a été reconstruite une première fois en 1678, puis une seconde fois après le tremblement de terre de 1755, par le provincial Miguel Inácio Falcão Beja, qui en a inversé l’orientation. Elle a été incendiée en 1895, mais cela n’a pas apporté de changements majeurs à l’église.

Sa façade, où se trouvait le chœur manuélin, est caractérisée par le haut portail et la fenêtre baroque – où l’on a placé une croix de trèfle et un médaillon en forme de cœur avec les cinq plaies du Christ – ainsi que par le large escalier d’accès développé, dallé de plusieurs fragments de pierres tombales.
Sur l’élévation latérale gauche, trois archibuttes intéressants ont été construits, dont deux servent d’encadrement à un portail manuélin orné, où se détachent des motifs végétaux, notamment des artichauts, représentant la résurrection du Christ. Selon certains historiens, il s’agissait de la porte principale du temple.

L’élévation arrière donnant sur la Praça Conde do Bracial comprenait le chœur du XVIIIe siècle – en saillie par rapport au corps de l’église et couvert d’un toit à pignon – la sacristie, avec accès au chœur et à la chapelle du Senhor dos Passos.

À l’intérieur, on trouve le retable du chœur, l’autel et les machinations avec les images de Notre-Dame des Douleurs et du Seigneur des Marches, le coffre de la sacristie et le baptistère qui possède une niche avec l’image de saint Jean Baptiste.