Establecida hacia 1547, la Misericórdia da Sertã habría construido la Iglesia de su cofradía en los años que siguieron a su fundación, cuando su proveedor fue el Alcaide-Mor de Sertã, Vicente Caldeira.
Tiene planta de una sola nave, sin presbiterio, que forma un espacio unitario articulado con la sacristía y dependencias. Las fachadas están rotas por varios arcones y ventanales, todos de marco recto simple, con rejas de hierro forjado. En el interior, la Iglesia está cubierta por un techo tripartito de madera, con el escudo de la Misericordia en el centro, pintado por Joaquim da Silva Motta, con un coro alto al fondo, con una nave decorada con artesonado de azulejos, y la principal altar de talla dorada, los ricos paneles de azulejos del siglo XVIII, el pórtico renacentista y la ventana gótica.
Junto al arco triunfal se colocó el sepulcro del alcalde Vicente Caldeira y su esposa, D. Isabel de Alcobia. La cabecera tiene un retablo de talla dorada, posiblemente realizado en los primeros años del siglo XVII.
Tuvo importantes obras a principios del siglo XVIII. De esta fase destaca el retablo barroco de estilo nacional, el artesonado de estilo brutesco, con los azulejos azules y blancos representando escenas marianas, ya de los años 40, del siglo XVIII.
El 13 de noviembre de 1569, por cédula real de D. Sebastião, el hospital de la aldea pasó a formar parte del patrimonio de la cofradía. Como ocurre con la mayoría de las Misericórdias en Portugal, la Misericórdia da Sertã también se implantó en el centro del pueblo, convirtiéndose en uno de los polos de la ciudad, ubicado cerca de los centros de poder locales.
Monumento de Interés Público desde 2014.