Fondée vers 1547, la Misericórdia da Sertã a construit l’église de sa confrérie dans les années qui ont suivi sa fondation, alors que le Alcaide-Mor de Sertã, Vicente Caldeira, en était le pourvoyeur.
Elle présente un plan d’une seule nef sans chœur, qui forme un espace unitaire articulé avec la sacristie et les dépendances. Les façades sont divisées par plusieurs baies et balcons, tous dotés d’un simple encadrement droit et de grilles en fer forgé. À l’intérieur, l’église est couverte d’un plafond tripartite en bois avec, au centre, les armoiries de la Misericórdia, peintes par Joaquim da Silva Motta, avec un haut chœur à l’arrière et une nef décorée de boiseries carrelées, et le maître-autel en bois sculpté doré, les riches panneaux carrelés du XVIIIe siècle, le portique de la Renaissance et la fenêtre gothique.
À côté de l’arc triomphal se trouve le tombeau de Vicente Caldeira et de son épouse Isabel de Alcobia. Le chœur possède un retable doré, probablement réalisé au début du XVIIe siècle.
Elle a subi d’importants travaux de rénovation au début du XVIIIe siècle. Le retable baroque de style national, le plafond à caissons en brutes et les carreaux bleus et blancs représentant des scènes mariales des années 1940 du XVIIIe siècle se distinguent de cette phase.
Le 13 novembre 1569, l’hôpital de la ville a été annexé aux biens de la confrérie par une charte royale du roi D. Sebastião. Comme la plupart des Misericórdias du Portugal, la Misericórdia da Sertã a également été établie dans le centre-ville, devenant ainsi l’un des centres de la ville, situé à proximité des centres du pouvoir local.
Monument d’intérêt public depuis 2014.