O Real Colégio das Missões Ultramarinas (nome original) foi mandado construir por D. João VI, através de um decreto datado de 10 de março de 1791, com a finalidade de preparar sacerdotes para o Grão Priorado do Crato. Por aqui passaram várias figuras de relevo, não só da vida eclesiástica como também de outras atividades, sendo por muitos considerado como “o mais notável foco missionário em Portugal nos tempos modernos”.
Construído em 1794, é dotado em 1801, pela rainha D. Mariana de Áustria, com uma renda para formar padres para a China. Em 1834, D. Joaquim António de Aguiar (conhecido por mata-frades) extinguiu as ordens religiosas e o colégio foi encerrado.
Reabriu em 1855, sob a dependência do então Ministério das Colónias, com a função de preparar pessoal missionário para os territórios ultramarinos do Padroado. O novo Colégio das Missões Ultramarinas regia-se por estatuto próprio, fixado por Sá da Bandeira, em 12 de agosto de 1856. Nesta altura, o edifício era composto pelo corpo frontal, com 27 quartos, e a igreja.
Além de possuir um vasto património artístico e cultural, de onde se destacam os azulejos, que retratam cenas de evangelização colonial, o seminário dispõe de uma imponente biblioteca, com cerca de 7.300 obras. Nela se podem encontrar livros encadernados em madeira, revestidos em pele e exemplares únicos que datam dos séculos XV e XVI. Entre eles, referência para um exemplar do dicionário “Ambrosi Calepini” que traduz uma palavra em dez línguas.
Na igreja do seminário, merece especial atenção o altar-mor de estilo hispano-árabe e o magnífico órgão de fole do séc. XVIII, além de vários quadros do pintor Bento Coelho da Silveira. Veneram-se neste templo as imagens de Nossa Senhora da Conceição e de São João Batista.
O seminário explora também a vertente agrícola através de uma larga produção de vinho, comercializado sob a marca “Terras de D. Nuno”.
O Seminário das Missões foi construído no local onde outrora foram erigidos os Paços do Bonjardim, por Álvaro Gonçalves Pereira. Aqui nasceu o Condestável Nuno Álvares Pereira, em 1360.
Monumento de Interesse Público desde 2015.