El Real Colégio das Missões Ultramarinas (nombre original) fue construido por D. João VI, mediante decreto del 10 de marzo de 1791, con el objetivo de preparar sacerdotes para el Gran Priorato de Crato. Por aquí pasaron importantes personalidades, no sólo de la vida eclesiástica sino también de otras actividades, siendo considerado por muchos como «el centro misional más notable de Portugal en los tiempos modernos».
Construido en 1794, fue dotado en 1801 por la reina D. Mariana de Austria con ingresos para formar sacerdotes para China. En 1834, D. Joaquim António de Aguiar (conocido como mata-frades) extinguió las órdenes religiosas y se cerró la escuela.
Reabrió en 1855, bajo la dependencia del entonces Ministerio de Colonias, con la función de preparar personal misionero para los territorios de ultramar del Padroado. El nuevo Colégio das Missões Ultramarinas se regía por estatuto propio, fijado por Sá da Bandeira, el 12 de agosto de 1856. En esa época, el edificio constaba del cuerpo frontal, con 27 habitaciones, y la iglesia.
Además de contar con un vasto patrimonio artístico y cultural, en el que destacan los azulejos, que representan escenas de la evangelización colonial, el seminario cuenta con una impresionante biblioteca, con unas 7.300 obras. En él se pueden encontrar libros encuadernados en madera, forrados en piel y ejemplares únicos que datan de los siglos XV y XVI. Entre ellos, la referencia a una copia del diccionario «Ambrosi Calepini» que traduce una palabra a diez idiomas.
En la iglesia del seminario merecen especial atención el altar mayor de estilo hispanoárabe y el magnífico órgano de fuelle del siglo XVII. XVIII, además de varias pinturas del pintor Bento Coelho da Silveira. En este templo se veneran las imágenes de Nossa Senhora da Conceição y São João Batista.
El seminario también explora el aspecto agrícola a través de una gran producción de vino, comercializado bajo la marca «Terras de D. Nuno».
El Seminario de las Misiones fue construido en el lugar donde una vez fueron erigidos los Paços do Bonjardim, por Álvaro Gonçalves Pereira. El condestable Nuno Álvares Pereira nació aquí en 1360.
Monumento de Interés Público desde 2015.