Le Real Colégio das Missões Ultramarinas (nom d’origine) a été construit par le roi D. João VI, par décret du 10 mars 1791, pour préparer les prêtres au Grand Prieuré de Crato. Plusieurs personnages importants y sont passés, non seulement dans la vie ecclésiastique mais aussi dans d’autres activités, et il est considéré par beaucoup comme « le centre missionnaire le plus remarquable du Portugal à l’époque moderne ».
Construit en 1794, il a été doté en 1801 par la reine Mariana d’Autriche d’un revenu destiné à former des prêtres pour la Chine. En 1834, Joaquim António de Aguiar (connu sous le nom de mata-frades) a aboli les ordres religieux et le collège a été fermé.
Il a rouvert ses portes en 1855, sous l’égide du ministère des Colonies de l’époque, avec pour fonction de préparer le personnel missionnaire pour les territoires d’outre-mer du Padroado. Le nouveau Collège des missions d’outre-mer était régi par ses propres statuts, établis par Sá da Bandeira le 12 août 1856. À l’époque, le bâtiment se composait de l’avant-corps, avec 27 chambres, et de l’église.
Outre un vaste patrimoine artistique et culturel, dont les azulejos représentant des scènes d’évangélisation coloniale, le séminaire dispose d’une imposante bibliothèque avec près de 7 300 ouvrages. Elle contient des livres reliés en bois, recouverts de cuir et des exemplaires uniques datant des XVe et XVIe siècles. Parmi eux, on peut citer un exemplaire du dictionnaire « Ambrosi Calepini » qui traduit un mot en dix langues.
Dans l’église du séminaire, l’autel principal de style hispano-arabe et le magnifique orgue à soufflet du XVIIIe siècle méritent une attention particulière, de même que plusieurs tableaux du peintre Bento Coelho da Silveira. Les images de Notre-Dame de la Conception et de Saint-Jean-Baptiste sont vénérées dans cette église.
Le séminaire explore également l’aspect agricole à travers une importante production de vin, commercialisée sous la marque « Terras de D. Nuno ».
Le Séminaire des Missions a été construit par Álvaro Gonçalves Pereira à l’endroit où se trouvaient les Paços do Bonjardim. Le connétable Nuno Álvares Pereira y est né en 1360.
Monument d’intérêt public depuis 2015.